海洋化学实验室为基础理化实验室，有4组中央实验台、2组边台和2台通风柜，可供50人同时实验。实验室内有超声波清洗器，多台套移液器、磁力搅拌器和电子天平等，可满足常规化学实验要求。目前开展的主要实验项目有：水中氟、铁离子的测定，水中叶绿素含量测定，水质评估，水体中多环芳烃、废水中苯、二甲苯的测定，沉积物中孔隙水提取等。